Первый этап сертификационного аудита включает в себя также анализ документированной информации системы менеджмента организации. Проверяется её адекватность заявленному стандарту, структурность и соответствие деятельности. Наличие обязательной информации по процессам, ресурсам и процедурам, отчётные документы по внутренним аудитам и пр.

На каждом этапе сертификации и при следующих надзорных проверках (если был выдан сертификат соответствия надзорные проверки проводятся 2 года подряд с периодичностью с 01.02.2024 г. по ГОСТ Р ИСО 9001 в первый год - от трёх раз, во второй - от двух раз п. 6.1.3 Правил функционирования Системы, утв. Приказом Госкорпорации "Росатом" от 12.04.2018 №1/367-П) проверяется понимание руководством и персоналом организации требований применяемого стандарта (ГОСТ Р ИСО 9001, ГОСТ Р ИСО 19443). Оценивается компетентность персонала в рассматриваемых вопросах, при постановки целей, функционирования СМ, оценке рисков по операциям и процессам

Аудит производственной деятельности также входит в сертификацию СМК. А именно, на втором этапе сертификационного аудита и при последующих ежегодных надзорных аудитах оценивается соответствие производственной деятельности требованиям критерия сертификации. Необходимо показать практическое внедрение стандарта (стандартов) в деятельность организации: от управления средствами измерения и оборудованием до соответствия кадров уровню выполняемых работ. Должна быть обеспечена и показана производственная целостность системы менеджмента по заявленной деятельности (производство конкретных видов продукции или оказываемых услуг для предприятий Росатома). Качество производимой продукции или оказываемой услуги должны быть документарно прослеживаемы